נוסע איטלקי מליוורנו מונה בשכם 12 בעלי בתים יהודים. זו העדות המוקדמת ביותר על הקהילה שבית הקברות שירת.

רעידת האדמה של כ"ד בטבת תקצ"ז פוגעת בשכם קשות. לפי ר' ישראל משקלוב, "בשכם נפלו בתים וכל החנויות ונהרגו כמו ששים נפשות". לפני הרעש היו בעיר כ-30 משפחות יהודיות; אחריו נותרו י"ג.

מנחם מנדל מקמניץ עובר בשכם: "ויש בה לערך ג' מנינים יהודים, ב' מנינים ספרדים ומנין א' המה אשכנזים". מפקד מונטיפיורי מאותה שנה רושם 28 בתי אב, ובראשם ר' דוד סתהון, סוחר בן 61 יליד חלב שעלה ב-1788.

הרב יוסף דוד עייאש, בנו של הראשון לציון ר' יעקב משה עייאש, נפטר בשכם ונקבר בבית הקברות — ד' באלול. זו הקבורה היחידה בבית העלמין הזה שידוע עליה בשם. באותה שנה מבקר ג'ון וילסון בבית הכנסת של שכם: חדר של כ-3.5 על 7 מטרים בתוך מקבץ בתי היהודים; הקהילה מונה 20 משפחות, 60 נפש.

העדות הישירה היחידה מתוך בית הקברות. ר' רחמים יוסף חיים אופלטקה, בדרכו מירושלים למירון, עוצר בשכם באייר תרל"ו, הולך "בעשרה מישראל" להשתטח על הקברים, ומדווח על מצבות בנות מאה שנה ועל בית עלמין שאין בו עוד מקום.

בית הקברות אינו בידי הקהילה. "בהשתדלותו של אליהו שייד, בא כוחו של הבארון רוטשילד, הוציא המושל (ואלי) בביירות צו לפחה בשכם למסור ליהודים את בית הקברות העתיק שלהם."

ניסיון ההשתלטות והמשפט. ישראל קאניל מדווח ב"הצבי" על חבר מועצת העירייה המוסלמי שקנה חלקה סמוכה וניסה לספח את בית הקברות ולבנות עליו בתים, בטענה ששדה הפקר הוא. הקהילה הענייה יצאה למשפט — וזכתה. הגדר נבנתה בכספי הכוללים בסיוע יואל משה סלומון.

הקהילה מתפוגגת: 120 נפש ב-1895 (לונץ), 50 ב-1896 (קיואינה), 31 בסביבות 1899, ואפס ב-1908.

יצחק בן־צבי מגיע לשכם ולא מוצא בה יהודי אחד. "נמחקה היסטוריה של גיטו בן שבע מאות שנה, ונותרו רק קצת מציוני בית הקברות. ואולם גם רוב המצבות נשדדו והקרקע נגזלה על־ידי השכנים, ורק זעיר פה וזעיר שם נשארו ציונים בודדים."

הרב בן־ציון מאיר חי עוזיאל מבקר בשכם בלוויית רונלד סטורס, ורואה את בית הקברות "מכוסה מצבות של קברים ישנים". מצבות רבות עדיין עומדות.

בן־ציון דינור, בהקשר של ועדת הכותל, מזכיר בדרך אגב "בית הקברות היהודי בשכם (שהוא עכשיו גן העיר בשכם)". על גיליון 1938 אכן מסומן Muni. Garden (El Baladiye) — אך במרחק כ-280 מ' ממזרח לחלקה שאותרה. ייתכן שדינור טעה, וייתכן שכיוון לשטח אחר.

הוועד הלאומי: לפני כשלושים שנה היה בית הקברות מחוץ לשטח הבנוי — ועד עתה התפשטה העיר והבתים הגיעו בסמוך אליו.

התכתובת שקובעת את הנתונים. הרב עוזיאל למזכיר הראשי: בית הקברות באזור Taraf-el-Djebel, שטח כ-4 דונם, רשום בספרי המקרקעין של שכם ב-Sehifa 18, Serial 94 על שם משה עזרי, יורשו אהרן עזרי מירושלים. המצבות נעקרו ושימשו אבני בניין. עוזיאל מציע חפירה, ומזכיר עד קשיש — מרדכי בן רחמים לוי — שיוכל לזהות את המקום. בדיקה של פקיד ממשל בסוף 1939 מוצאת "מחשוף סלעי, ללא מצבות נראות לעין".

יעקב יהושע מביא מפי מרת בייה כהן, ילידת שכם: "משעזבו היהודים את העיר שכם הקימו כמה מאנשי המקום בית על שטח בית הקברות היהודי. משערכו את חנוכת הבית התמוטט וקבר תחתיו את חוגגיו."

כתב העת Toledot: "בית הקברות היהודי בשכם נעלם לפני כחמישים שנה". מפנה לתיק ISA B/32/39, R.G. 2 — ההפניה הארכיונית הראשונה שפורסמה.

יששכר קציר, יועץ ראש הממשלה יצחק שמיר, לשמואל גורן, ראש המינהל האזרחי: הד"ר א. קימלמן ביקש "להציל את בית הקברות היהודי בשכם, בשטח של עשרה דונם, הנמצא בידי ערבים מאז מלחמת העולם הראשונה". השאלה שנשאלה: "הניתן להוציא השטח מידי התושבים ולהעבירו לידיים יהודיות".